El arrabal de La Musalla que se extendía desde la actual calle de La Reina hasta la Rambla Obispo Orberá. Alfonso VII se llevó partes de la gran mezquita, que depositó en el Monasterio de las Huelgas de Burgos, y ricos tejidos, con los que sería confeccionada la famosa casulla de San Juan de Ortega. Tras una breve pero intensa resistencia, camiseta albacete balompie las murallas fueron asaltadas por doce puntos. El 10 de abril del mismo año, Alexis batió su mejor marca goleadora (doce goles con el Udinese en la temporada 2010-2011) tras marcar dos tantos ante el Getafe C. F.. No pudo estrenarse mejor al empezar eliminando al Nottingham Forest con un 2-0 en Mestalla (con Waldo anotando los dos primeros goles europeos en la historia del club) y un contundente 1-5 en Inglaterra, y posteriormente al Lausanne suizo, al potente Inter de Milán (con doblete de goles del joven canterano Guillot en la ida) y al MTK Budapest en semifinales con dos goleadas por 3-0 y 3-7 (con tres goles del uruguayo Héctor Núñez, dos de Waldo y otros dos de Guillot). Se trazan nuevas calles, se abre la nueva Puerta de Purchena, es encauzada la Rambla de Belén y el eje de la ciudad se desplaza de la c/ Real al novísimo Boulevard, de clara inspiración francesa, espanyol shop que tantos otros nombres recibiría antes de convertirse en el actual Paseo de Almería.

Los árabes también cantaron las magnificencias de la ciudad, como el sabio almeriense del siglo XIV, Ibn Jatima, en su libro Ventajas de Almería respecto a los otros países de España. Al brusco deterioro de las prosperidad de Almería se añadió una sucesión de terremotos, dos de los cuales fueron terribles: el de 1518, que elimina para siempre la Vera musulmana, matando a todos sus habitantes, y el de 1522, que se dejó sentir hasta en las Azores, y que devastó Almería por completo, convirtiéndola casi en un solar y siendo la principal causa de la destrucción de la práctica totalidad de los edificios que los árabes habían levantado en ella, así como de la catedral antigua. Llegó a contar con 10 000 telares, que creaban maravillosos tejidos de seda, entre los que destacaban un “tejido de Almería” que era exportado a casi todo el mundo árabe. También se habilitó el Centro Entomológico Manuel Ortego, que alberga una colección de 15 000 coleópteros (escarabajos) y lepidópteros (mariposas). De los habitantes de la ciudad, 10 000 pudieron huir milagrosamente hacia Murcia y 20.000 se refugiaron en la Alcazaba. En esta época, Almería es el escenario de batallas, incursiones y razzias entre los cristianos de Murcia y los moros de Granada.

De todas esas puertas, los contemporáneos destacaban por su belleza tres de ellas, que tenían un raro patio interior (en toda la España musulmana, solo había dos ejemplos más de este tipo de puertas: una en Sevilla y otra en Granada). Durante el siglo XV, las luchas por el trono del reino de Granada se irán sucediendo, proclamándose rey de Almería Abdalá El Zagal, reinado que durará poco tiempo porque el 26 de diciembre de 1489, los Reyes Católicos conquistan la ciudad y El Zagal les entrega las llaves de Almería. Sigue cobrando importancia, llegando a ser, como reino independiente, una de las taifas más prósperas. El puerto almeriense era uno de los más importantes del Mediterráneo en época califal, de taifas y con los almorávides. Con la muerte de Hixem II, se desmorona el Califato de Córdoba apareciendo los Reinos de Taifas en el siglo XI, en el que Almería se independiza bajo el mandato de Jairán. Mario Alberto Kempes era ya una estrella en Valencia, en la liga española y en su país, pero pasó a ser una estrella mundial tras el Mundial 1978 en el que se coronó como máximo goleador con 6 goles y además campeón con la selección argentina, siendo además el autor de dos de los tres goles en la final, uno de ellos decisivo en la prórroga.

En 1812, los franceses se retiran de Almería tras ser vencidos en Arapiles. La Almería musulmana está presente en muchos textos medievales, como el Romance del Conde Arnaldo o Las Serranillas, del Marqués de Santillana. Cada uno traía entre sus huestes a lo más granado de la caballería europea, nombres protagonistas de romances medievales (como el conde de Astorga, Ramiro Flores de Guzmán, llamado la “Flor de las Flores” en el “Poema de Almería”, compuesto a raíz de la conquista). El conde de Barcelona se llevó las espectaculares puertas de la Puerta de Pechina, forradas de cuero de buey y tachonadas con clavos de bronce, cuya última pista nos lleva a la capilla vieja de la Universidad de Barcelona. Las crónicas medievales destacan la actividad comercial de la ciudad y de la prontitud con que los almerienses hacían frente a los pagos. Para la liguilla de ascenso (Playoffs), el Almería decide cambiar de entrenador buscando un revulsivo que le llevase a Primera División, contratando como entrenador para cumplir este objetivo a José Gomes, técnico portugués que entrenaba en ese momento al Club Sport Marítimo de la Primera División de Portugal.